单聚类注释

单细胞簇分析

单簇 CASSIA

注释单个聚类,适合有单独需要处理的聚类和对应标记基因的情况。(一般情况下更多地使用下一节的批处理注释)

示例

如果您使用 OpenRouter 作为提供商,可以自由指定几乎任何大模型,以下是一些模型推荐:

  • Claude 3.5 Sonnet (性能最佳)
    • 模型 ID: "anthropic/claude-3.5-sonnet"
  • GPT-4o (均衡选项)
    • 模型 ID: "openai/gpt-4o-2024-11-20"
  • deepseekv3 (几乎免费且效果接近4o,最推荐)
    • 模型 ID: "deepseek/deepseek-chat-v3-0324" 或者 "deepseek/deepseek-chat-v3-0324:free" (这个是免费的!但每天有50次限制,如果充值10🔪放openrouter里,限制提高到1000次每天)

示例代码

# 参数
model <- "openai/gpt-4o-2024-11-20"  # 使用 OpenRouter 时的模型 ID
temperature <- 0
marker_list <- c("CD3D", "CD3E", "CD2", "TRAC")
tissue <- "blood"
species <- "human"
additional_info <- NULL
provider <- "openrouter"  # 或 "openai", "anthropic"

# 运行分析
result <- runCASSIA(
  model = model,
  temperature = temperature,
  marker_list = marker_list,
  tissue = tissue,
  species = species,
  additional_info = additional_info,
  provider = provider
)

# 查看结构化输出
print(result$structured_output)

# 查看对话历史
print(result$conversation_history)

注意: 使用 OpenRouter 时,您需要指定完整的模型 ID。