单细胞簇分析
单簇 CASSIA
注释单个聚类,适合有单独需要处理的聚类和对应标记基因的情况。(一般情况下更多地使用下一节的批处理注释)
示例
如果您使用 OpenRouter 作为提供商,可以自由指定几乎任何大模型,以下是一些模型推荐:
- Claude 3.5 Sonnet (性能最佳)
- 模型 ID:
"anthropic/claude-3.5-sonnet"
- 模型 ID:
- GPT-4o (均衡选项)
- 模型 ID:
"openai/gpt-4o-2024-11-20"
- 模型 ID:
- deepseekv3 (几乎免费且效果接近4o,最推荐)
- 模型 ID:
"deepseek/deepseek-chat-v3-0324"或者 "deepseek/deepseek-chat-v3-0324:free" (这个是免费的!但每天有50次限制,如果充值10🔪放openrouter里,限制提高到1000次每天)
- 模型 ID:
示例代码
# 参数
model <- "openai/gpt-4o-2024-11-20" # 使用 OpenRouter 时的模型 ID
temperature <- 0
marker_list <- c("CD3D", "CD3E", "CD2", "TRAC")
tissue <- "blood"
species <- "human"
additional_info <- NULL
provider <- "openrouter" # 或 "openai", "anthropic"
# 运行分析
result <- runCASSIA(
model = model,
temperature = temperature,
marker_list = marker_list,
tissue = tissue,
species = species,
additional_info = additional_info,
provider = provider
)
# 查看结构化输出
print(result$structured_output)
# 查看对话历史
print(result$conversation_history)注意: 使用 OpenRouter 时,您需要指定完整的模型 ID。